截至目前，由自治区住房和城乡建设厅督促指导整改的19个城镇污
水处理和污水再生利用设施项目建设全部完成并投入运行，全区污水处理设施建设与运营管理水平有了显著提高。
针对中央生态环保督察反馈意见提出的问题，自治区组织开展了“两个全覆盖”摸底调查，即覆盖全区所有州、市、县，覆盖全区污水、
垃圾处理等城市市政公用设施全行业。
同时，通过建立督查、通报、下达整改通知书、重点督办、约谈、问题反馈的“六步法”督导机制，不断加强自治区住房城乡建设领域落实中央生态环保督察反馈意见整改及大气、水、土壤污染防治工作的督导检查，加强城镇污水处理及再生利用设施项目计划、项目前期、工程建设、后期运营等各阶段的监督管理，督促各地加快项目建设进度。
截至目前，新疆所有城市、县城实现了污水处理能力全覆盖，共建成投运城镇生活污水处理厂111座，其中已建成一级A排放标准的92座（含通水调试，占比82.9%），全区一级A排放标准城镇污水处理设施较2017年中央环保督察以来增加了70座。截至2019年底，全区城镇污水处理率达96.75%，比2017年末提高了6.48个百分点；污水再生水利用率达到23.5%，比2017年末提高了12.5个百分点；再生水管网长度达1142.5公里。
另外，新疆已提前完成了国家和自治区城镇污水处理及再生利用“十三五”规划提出的“到2020年末全区城镇污水处理率要达到85%”的目标任务。