2009年9月17日-21日，国务院第一次全国污染源普查领导小组办公室组织验收组，由第一次全国污染源普查办公室赵建中副主任带队一行共6人，对内蒙古自治区第一次全国污染源普查工作进行了验收。
根据《关于开展第一次全国污染源普查工作验收的通知》（国污普办〔2009〕2号）的要求，验收组听取了自治区普查办的污染源普查工作汇报，核对了自治区污染源普查数据汇总数据，并确认了普查的终审数据，查阅了自治区污染源普查工作档案与污染源普查数据库，并实地考察了自治区普查办推荐的污染源普查工作先进集体候选单位赤峰市克什克腾旗普查工作，全面了解了内蒙古自治区第一次全国污染源普查的总体情况。
验收组认为内蒙古自治区污染源普查工作组织机构健全、部门配合密切，经费落实到位，广泛宣传，培训工作扎实，技术指导有力，确保了普查数据质量，档案管理规范。得出结论，内蒙古自治区第一次全国污染源普查工作认真执行了国务院第一次全国污染源普查领导小组办公室制定的各项技术规定，完成了国务院《第一次全国污染源普查方案》要求的工作内容，达到了第一次全国污染源普查工作验收要求，同意通过验收。同时提出了由自治区人民政府对自治区级污染源普查工作突出的集体和个人进行表彰等建议。
自治区普查办将在下一步的工作中继续污染源普查数据成果开发利用工作，为全区各级政府进行社会经济决策和“十二五”环境规划提供服务。做好《内蒙古自治区第一次全国污染源普查公报》发布准备工作和公报发布后的宣传、解释工作。按照《全国污染源普查档案管理办法》要求，做好污染源普查档案整理、存档、移交工作。