处理和利用生物质能不单只用来当燃料使用，也有其他用途，例如玉米。
利用植物的生质能电池
生质柴油的加油站低技术处理包括:[3]
堆肥 (调整和增肥土壤)
厌氧消化 (使生物质能腐烂以生产沼气或将污泥转成肥料)
发酵和蒸馏 (都用来制造乙醇)
生物质能更高技术的处理包括:
高温裂解 (在空气不足或缺乏空气的状态下加热有机废弃物以制造像是瓦斯或是煤炭等易燃物)
加氢气化 (生产甲烷和乙烷)
氢化 (在高温高压下用一氧化碳和蒸气将生物质能转化为石油)
破坏性蒸馏 (用高纤维有机废弃物中生产甲醇)
酸水解 (用废木材生产可蒸馏的糖类)
燃烧生物质能或是其所生产的燃料，可以用来生产热能或是电能。
生物质能的其他用途，除燃料和堆肥包括:
建材
生物可降解塑胶和纸张(用纤维素)