微生物实验室是进行微生物研究的场所，主要应用于微生物学、生物医院、生物化学、动物实验、基因重组、生物制品等研究。微生物实验室又称为生物安全实验室。
这类实验室建设的要求：选址、平面布局、围护结构、通风空调、其他家具的要求等，都是非常重要的对实验室影响很大的因素。规划区域包括准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等，都应设独立区域，设置隔离门，有缓冲区方便清洁更换衣物。
微生物实验室的安全操作须知：1.制定员工安全操作规程，注明生物危险标志。2.无菌室的安全操作规程，保持清洁以防污染，保障洁净度的要求。3.压力蒸汽灭菌器的安全使用操作流程，做好检查记录，物品的明确标识4.生物安全柜的操作规程5.标准菌株安全操作流程6.微生物培养废弃物安全处理程序7.紧急事故的处理办法。