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用于构成微生物细胞和代谢产物中碳素来源的营养物质称为碳源。微生物细胞中碳素含量约占干物质的50%。碳源是工业发酵培养基的主要成分之一，它既能构成菌体细胞和代谢产物，又能提供微生物生命活动中所需能量。生产中使用的碳源有碳水化合物（糖类）、脂肪、有机酸、醇和碳氢化合物等。由于各种微生物生理特性不同，所含的碳源分解酶并不完全一致，所利用的碳源品种会存在差异。